Drei Fragen an J. Craig Venter

Der Genomwissenschaftler und Unternehmer J. Craig Venter ist vor allem dafür bekannt, dass er im Jahr 2001 als erster Mensch sein eigenes Genom sequenziert hat.



In diesem Jahr gründete er ein neues Unternehmen, Human Longevity, das beabsichtigt, bis 2020 eine Million menschliche Genome zu sequenzieren und letztendlich webbasierte Programme anzubieten, um Menschen dabei zu helfen, ihre genetischen Daten zu speichern und zu verstehen (siehe Microbes and Metabolites Fuel an Ambitious Aging Project). .

J. Craig Venter

J. Craig Venter





Venter sagt, dass er bisher die Genome von 500 Menschen sequenziert hat und dass Freiwillige beginnen, sich auch einer Reihe von Tests zu unterziehen, die ihre Kraft, Gehirngröße, wie viel Blut ihr Herz pumpt, und, sagt Venter, so ziemlich alles, was gemessen werden kann eine Person, ohne sie aufzuschneiden. Diese Informationen werden in eine Datenbank eingespeist, die verwendet werden kann, um Verbindungen zwischen Genen und diesen Merkmalen sowie Krankheiten zu entdecken.

Aber das wird eine massive Datenverarbeitung erfordern. Um diese Fähigkeiten zu erhalten, rekrutierte Venter Franz Och , der Experte für maschinelles Lernen und führender Google Übersetzer. Jetzt wird Och ähnliche Methoden zur Untersuchung von Genomen in einem Datenwissenschafts- und Softwaregeschäft anwenden, das Venter in Mountain View, Kalifornien, aufbaut.

Die Einstellung erfolgt gerade, als Google selbst eine ähnlich klingende Anstrengung unternommen hat, um mit dem Sammeln biomedizinischer Daten zu beginnen (siehe What’s a Moon Shot Worth Today ). Venter nennt Googles Pläne für eine biomedizinische Datenbank einen kleinen Schritt, eine viel kleinere Version dessen, was wir tun.



Klar ist, dass Genomforschung und Datenwissenschaft auf neue Weise und in viel größerem Umfang als je zuvor zusammenkommen. Wir haben Venter gefragt, warum.

kannst du die zukunft sagen?

Wie geht es uns in der Genomik?

Meiner Ansicht nach gab es keine nennenswerten Fortschritte. Ein Grund dafür ist, dass die Genomik einem Gesetz sehr großer Zahlen folgt. Ich habe mein Genom seit 15 Jahren und es gibt nicht viel, was ich lernen kann, weil es nicht so viele andere gibt, mit denen ich es vergleichen könnte.

In welchem ​​Sonnensystem leben wir?

Warum haben Sie einen Experten für maschinelle Übersetzung als Ihren Top Data Scientist eingestellt?



Bis jetzt gab es keine Software, um mein Genom mit Ihrem Genom zu vergleichen, geschweige denn mit einer Million Genome. Wir wollen an einen Punkt kommen, an dem es ein paar Sekunden dauert, Ihr Genom mit allen anderen zu vergleichen. Es wird viel Arbeit erfordern, das zu tun.

Google Translate begann als langsamer Algorithmus, dessen Ausführung Stunden oder Tage dauerte und der nicht sehr genau war. Aber Franz [Och] baute eine maschinell lernende Version, die ins Web gehen und jeden Artikel finden konnte, der vom Deutschen ins Englische oder umgekehrt übersetzt wurde, und daraus lernte. Und dann wurde es optimiert, damit es in Millisekunden funktioniert.

Ich habe Franz überzeugt, und er hat sich selbst davon überzeugt, dass das Verständnis des menschlichen Genoms in dem Umfang, in dem wir es versuchen, eine der größten Übersetzungsherausforderungen der Geschichte sein wird.

Inwiefern ist die Entdeckung des Zusammenhangs zwischen Genen und Krankheiten vergleichbar mit dem Übersetzen von Sprachen?

Alles in einer Zelle leitet sich von Ihrem DNA-Code ab, alle Proteine, ihre Struktur, ob sie Sekunden oder Tage dauern. All das ist in der DNA-Sprache vorprogrammiert. Dann wird es ins Leben übersetzt. Die Leute werden sehr überrascht sein, wie sehr wir eine DNA-Software-Spezies sind.

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